ツールボックスとレイヤーなどの入っているドックは画像のウインドウよりも必ず上になるようになっています。
画像の編集のため画像のウィンドウを選択すると必ずツールボックスなども見えるようになるので便利ですが、ディスプレイが狭いときには邪魔なこともあります。
メニューの編集から環境設定を選びます。
左の項目からウィンドウマネジメントを選択します。
ウィンドウマネージャのヒントの項目でツールボックスのヒント、ドックのヒントの両方が「ユーティリティウィンドウ」になっているのが原因です。
「ユーティリティウィンドウ」になっているところをクリックして「通常のウィンドウ」に変更します。
通常のウィンドウになりました。右下の[OK]を押して設定を保存します。
一度GIMPを終了してもう一度起動すると有効になります。
この設定はいいことばかりではありません。たくさんのウィンドウの中で作業するときには下になったツールボックスを探すのが不便なことがあります。自分の作業形態に合わせて設定します。